现设37个专业科室，14个医技科室。拥有妇科、产科、儿科等3个浙南区域专病中心，妇产科、消化内科等2个省市共建重点学科，围产医学、消化病、舒适医疗和生殖医学等4个市级重点学科群以及15个市级重点学科，为首批国家级住院医师规范化培训基地。